水户作为其中的“首恶”，家臣们被牵连其中的甚多，水户在京都屋敷的首领鹈饲吉左卫门被斩首，其子鹈饲幸吉更是被定为首罪枭首示众，同时家老安岛带刀被勒令切腹，其余家臣中还有被斩首1人、受其它处分12人。
里面有十余幕臣最是冤枉，他们和戊午密敕一点边都不沾，公开表示同情或者反对就此严厉处分的不说，有些人完全是被扣了个办事不利的帽子因而被涉及。因此朝野普遍认为大老井伊一系是借此机会打击异己。
说起来，这也不怪旁人——井伊原本的盟友，原老中首席堀田正睦被追加了“谨慎”的处罚，老中久世广周因为劝谏他也被罢免了。在安政大狱前后，光老中和大目付就各自下去了四位，勘定奉行更是走了五补了三，其它重要役职也都调整频繁，就井伊一系巍然不动，说不乱权也得有人相信才成啊。
通过这次戊午之难，井伊更是在幕臣中建立了一言九鼎的绝对威信。
当然，因为牵连甚广——公卿、大名、幕臣、名士都被他辣手惩罚，兼手段激烈，他的赤鬼之名也因此传遍了扶桑。
不过，由于直秀的乱入，安政大狱有些情况被改变了：
首先是萨摩岛津家主齐彬。
安政五年（1858年）他是得了急病，但因为阿司匹林被治好了，并未身死。既然还在，因此他在这场风波中也难以置身事外。但由于他是公方样家定的公公，且鹿儿岛实力强劲，因此被法外施恩，仅仅隐居了事——齐彬五子俦次郎接任家主，更名为定义。但定义只有十一岁，所以大权仍在其父齐彬手中。