关于他的著作的主题伯罗奔尼撒战争，他的史料主要来自他的直接经验。他在战争早期是参与者，在战争中后期是目击者，实际上经历了战争的全过程。这些直接经验本身是第一手史料，同大多数后代人写前代事的古代史书的史料性质是不一样的。他的著作所以能被后人称为信史，很大程度上基于他的著作的这一史料特征。但史家个人的直接观察毕竟存在着局限，因为他不只记载雅典本身的事件，还用相当多的篇幅叙述希腊其他国家的参战历史，即使是他的母邦雅典的历史，他也不完全是目击者和当事人，许多事件的进程和人物的活动都在他的视野之外。因此他只能依靠别人的经验，对他来说也就是间接经验。这部分史料主要是文献、当事人的回忆和口头传说。比如雅典与斯巴达的条约，斯巴达与波斯的条约，神托记录等等。修昔底德的有利条件是他的这写间接经验来自他的同代人，他本人不仅可以随时随地向目击者和当事人询问，而且还在分析和筛选这类间接经验的时候具有后代人不可能有的对事件的直感和直接的辨伪能力。正如他所说的：“我所描述的事件，不是我亲自看见的，就是我从那些亲自看见这些事情的人那里听到后，经过我仔细考核过了的。”但即使这样，他仍然不放心，因为“真理还是不容易发现的”。