徐霞客手迹
水在岩溶地貌的形成中是不可缺少的外部力量，徐霞客在考察中已明确认识到这一点。他在记述岩溶漏陷洼地及伏流时言道：“岭头多漩涡成潭，如釜之仰，釜底俱有穴直下为井，或深或浅，或不见其底……始知是山下皆石骨玲珑，上透一窍，辄水捣成井。”[59]“（进穴）皆平地下陷，或长如峡，或圆如井，中皆丛石，玲珑攒嵌，下则渊水澄澈；盖其地中二三丈之下，皆伏流潜通，其上皆石骨嘘结，偶骨裂土进，则石出而穴陷焉。”[60]这便揭示了石灰岩漏陷地形是由流水的机械侵蚀或地下水溶蚀成洞及洞顶崩塌而成，从而解开了岩溶地貌成因之谜。
对于石灰岩地区为数众多的地下暗河与伏流，徐霞客尽可能地对其走向、进水口、出水口进行踏勘，给予合乎实际的结论，如他查明广西的龙江是在永顺司、永泰里之间入穴成暗流，而其下游则流入都泥江。[61]
石灰岩岩溶地形由于大自然的造化，往往形态万千，古人为其命名颇不一致，徐霞客在游记中对之进行了较全面的厘定。他将由水冲凫而成漏陷洼地地貌中体积较小的称为“眢井”（今称落水洞或斗淋），较大的称为“盘洼”（今称圆洼地）[62]，并指出两者都有消水性，水可透泄而出，若将底部透泄孔堵实，则可贮成“天池”[63]。对于特大型的溶浊洼地，徐霞客呼之为“坞”，并记录了“夹环为坞”（圆形坞）[64]、“南北石山排闼成坞”（长形坞，今称机理谷地形）[65]等各类“坞”的结构。除漏陷洼地地貌之外，徐霞客对于石灰岩地区广泛出露的石林、石芽地貌特别注意把握其特征，并为之命名，称之为“石萼”、“石齿”、“石锷”等，以“出水青莲，萼丛瓣裂”[66]，“利若剑锋，簇若林笋”[67]，“石齿如锯、横锋竖锷”、“薄若裂绡，耸若伸掌”[68]等形象的语言描述其面貌。石芽、石林是由雨水沿地表石灰岩裂隙冲蚀或溶蚀而成的，其特征是石色青润，石态玲珑，往往丛聚成林。徐霞客的描述，准确地把握了石芽、石林地貌的实质性特征。